Στις 12 Ιουνίου του 1945, το ΚΚΕ αποκηρύσσει δημόσια τον Άρη Βελουχιώτη, για την άρνησή του να αποδεχθεί τη Συμφωνία της Βάρκιζας, με ανακοίνωσή του που αναπαράγεται στον Ριζοσπάστη.

Το δημοσίευμα αναφέρει: «Ο σύντροφος Ζαχαρίαδης μας ανακοίνωσε ότι η κεντρική επιτροπή του ΚΚΕ, αφού συζήτησε πάνω σε εκθέσεις που ήρθαν από διάφορες κομματικές οργανώσεις αποφάσισε να καταγγείλει ανοικτά την ύποπτη και τυχοδιωκτική δράση του Άρη Βελουχιώτη (Θανάση Κλάρα ή Μιζέρια).
Ο Βελουχιώτης και ύστερα από την συμφωνία της Βάρκιζας συνέχισε τη δράση του. Η δράση αυτή , που μονάχα την αντίδραση μπορούσε να εξυπηρετήσει, γιατί της έδινε όπλα για να κτυπά το ΚΚΕ, να παραβιάζει την συμφωνία της Βάρκιζας και να δικαιολογεί τα εγκλήματα της , δεν επιτρέπει πια καμιά καθυστέρηση για την ανοικτή καταγγελία του Άρη Βελουχιώτη. Όπως είναι γνωστό , ο Βελουχιώτης στον καιρό της δικτατορίας είχε πιαστεί και είχε κάνει δήλωση μετανοίας και αποκήρυξης του ΚΚΕ».

Εχει προηγηθεί η διαγραφή του από την Κεντρική Επιτροπή του κόμματος τον Απρίλιο του ίδιου χρόνου, μετά την άρνησή του να παραδώσει τον οπλισμό του κατά πώς προέβλεπε η Συμφωνία της Βάρκιζας. Η απόφαση της Κεντρικής Επιτροπής σημείωνε ότι η διαγραφή δεν θα εφαρμοστεί εάν ο Βελουχιώτης δεν ανέπτυσσε δράση με τους αντάρτες του και έφευγε στο εξωτερικό όπως του είχε ζητηθεί. Ταυτόχρονα, είχε σταλεί σημείωμα στις οργανώσεις του ΚΚΕ να μη βοηθηθεί σε καμία περίπτωση ο Βελουχιώτης εφόσον βρισκόταν στο βουνό. Το περίφημο «Ούτε νερό ούτε ψωμί στον δηλωσία μιζέρια»

Ο Άρης Βελουχιώτης έχει έρθει σε διαφωνία με το ΚΚΕ ήδη κατά την περίοδο αμέσως πριν τα Δεκεμβριανά του 1944. Επιθυμία του είναι να κατέβει στην Αθήνα μαζί με τους αντάρτες του για να συμμετάσχει στη μάχη. Ωστόσο, το ΚΚΕ του δίνει εντολή να πάει στην Ήπειρο με σκοπό να συντρίψει τις τελευταίες δυνάμεις του ΕΔΕΣ, κάτι που πραγματοποιεί. Από τις μάχες του Δεκέμβρη αποκλείονται επίσης και άλλοι πρωτοκαπετάνιοι από το επιτελείο του ΕΛΑΣ στη Λαμία, όπως ο Στέφανος Σαράφης. Το ΚΚΕ θέλει να υποτιμήσει όσο το δυνατόν περισσότερο τη σύγκρουση της Αθήνας και να διατηρήσει ανοιχτό δίαυλο συνεννόησης με τους Βρετανούς, προκειμένου να αποφύγει τη ρήξη. Στη σύσκεψη στελεχών που πραγματοποιείται στη Λαμία τον Νοέμβριο, ο Βελουχιώτης χαρακτηρίζει αυτή τη γραμμή αυτοκτονική, λέγοντας ότι η σύγκρουση με τους Βρετανούς είναι αναπόφευκτη και το κόμμα και ο ΕΛΑΣ πρέπει να προετοιμαστούν για να τη δώσουν, αλλά μειοψηφεί. Αντιπροτείνει την άμεση κατάληψη της Αθήνας και συγκρούεται με τον Μάρκο Βαφειάδη. Αποχωρεί από τη σύσκεψη προαναγγέλλοντας τη μετέπειτα πορεία του και λέγοντας: «Οι Εγγλέζοι θα σας σφάξουν όλους σαν αρνιά, εγώ στα χέρια τους δε θα πέσω, γιατί τα βουνά με ξέρουν. Με την πέτρα προσκέφαλο, την ψείρα συντροφιά, την κάπα σκέπασμα δε θα με ιδούνε ζωντανό στα χέρια τους. Αυτό θέλω να το θυμάστε αν κανένας σας ζήσει».

Όταν η ήττα του ΚΚΕ και του ΕΛΑΣ στα Δεκεμβριανά και τη μάχη της Αθήνας αρχίζει να διαφαίνεται, ο Βελουχιώτης κατεβαίνει με τις μονάδες του προκειμένου να εισέλθει στην πόλη. Ωστόσο, η Κ.Ε. του ΕΛΑΣ του απαγορεύει την εμπλοκή και οι αντάρτες παραμένουν στρατοπεδευμένοι στη Θήβα. Παρόλη την σκληρή κριτική που έχει δεχθεί το ΚΚΕ για τη στρατηγική του στα Δεκεμβριανά και την ιδιαίτερα αφελή επιχείρησή του να αποφύγει την εμπλοκή σε ανταλλαγές πυρών με τους Άγγλους, είναι εξαιρετικά αμφίβολο αν η παρουσία του Βελουχιώτη μπορούσε να αλλάξει πραγματικά τους συσχετισμούς της μάχης.

Στις 12 Φεβρουαρίου του 1945, ο Βελουχιώτης είχε υπογράψει τη Συμφωνία της Βάρκιζας και συνεισέφερε στον αφοπλισμό του ΕΛΑΣ, αρνούμενος πιέσεις να πάρει πρωτοβουλίας για την ανατροπή της ηγεσίας του ΚΚΕ. Όμως, ένα μήνα αργότερα εξαπέλυσε δριμύτατη κριτική στη συμφωνία, χαρακτηρίζοντάς την «προδοσία των ανταρτών», έκανε λόγο για «νέο βρετανικό ζυγό» και ξεκίνησε την προσπάθεια για ένα νέο αντάρτικο με τη συνοδεία 80 συντρόφων του και ελάχιστο πλέον οπλισμό.

Αν και ο Βελουχιώτης ήλπιζε μέχρι το τέλος ότι θα είχε τη σιωπηρή ανοχή του αρχηγού του ΚΚΕ Νίκου Ζαχαριάδη, εν αναμονή των εξελίξεων, αυτό δε συνέβη. Η δημόσια αποκήρυξή του ως δηλωσία και τυχοδιώκτη ήταν η χαριστική βολή για τον Άρη, που ήδη βρισκόταν σε δυσμενή θέση τον Ιούνιο του 1945, περικυκλωμένος από την εθνοφυλακή κοντά στη Μεσούντα της Άρτας. Τρεις μέρες μετά την αποκήρυξή του, στις 15 Ιουνίου, θα αυτοκτονήσει με το περίστροφό του, δίπλα στους αντάρτες του. Οι εθνοφύλακες θα κόψουν το κεφάλι του νεκρού Άρη και θα το κρεμάσουν δίπλα σε αυτό του Τζαβέλα στην πλατεία των Τρικάλων, όπου θα στηθεί μια γιορτή εθνικοφρόνων, παρουσία του αρχηγού του ΕΔΕΣ Ναπολέοντα Ζέρβα.

Το ΚΚΕ θα αποκαταστήσει πολιτικά τον Άρη Βελουχιώτη 66 χρόνια μετά, κρίνοντας σωστή τη διαφωνία του με τη Συμφωνία της Βάρκιζας. Δεν θα τον αποκαταστήσει όμως κομματικά, μη συγχωρώντας του την παραβίαση της αρχής του δημοκρατικού συγκεντρωτισμού, δηλαδή την δημοσιοποίηση της διαφωνίας. Με διάφορες ερμηνείες, η πολιτική κληρονομιά του Βελουχιώτη αποτέλεσε όλα αυτά τα χρόνια διακύβευμα πολλών ρευμάτων της ελληνικής αριστεράς και η μορφή του παραμένει η εμβληματικότερη στην ενός αιώνα  ιστορία του ελληνικού κομμουνιστικού κινήματος